Во время создания проекта Убежищ каждое убежище получило свою функцию и свой эксперимент. Если Восьмое должно было стать базой для восстановления административной элиты, Девятое официально должно было сохранить сословие ученых и исследователей. Эксперимент же этого убежища состоял в том, что у спрятавшихся там ученых не было ни лаборантов, ни обслуживающего персонала. Сохранять работоспособность Убежища и делать все эксперименты им приходилось самим. К счастью для Братства, ученые справились с этим испытанием и смогли сохранить знания для последующих поколений.
Само Убежище представляет собой комплекс, расположенны на семи этажах под кварталом Дейли Сити. На первом этаже расположен вход со стандартной дверью-шестеренкой, система дезактивации и выход в подземную стоянку довоенного супермаркета. Второй и третий этажи заняты обширными складами, ныне полупустыми. На третьем этаже, в одной из длинных комнат, паладины устроили стрельбище. Четвертый и пятый этажи полностью заняты жилыми комнатами. На верхнем находятся комнаты для семейных Братьев, кафетерий-бар и покои Старейшины, в которых ранее жил смотритель Убежища, на нижнем - общежития для остальных жителей и большая столовая. Оба уровня объединены большим холлом, использующимся как зал собраний. На шестом уровне находятся несколько больших лабораторий и суперкомпьютер системы ZAX, используемый для вычислений и хранения данных. Седьмой уровень - технический, там расположена система жизнеобеспечения, арсенал и три реактора - основной геотермальный, резервный геотермальный меньшей мощности и экспериментальный термоядерный, предназначенный для энергоснабжения особо энергоемких экспериментов.
Уровни соединены между собой довольно емким лифтом, способным поднять пятерых паладинов в силовой броне, и двумя широкими лестницами.